Вы можете столкнуться с ситуацией, когда не можете использовать ЭЦП для подписи в любом приложении на компьютере. При этом в свойствах ЭЦП все сертификаты: личные, промежуточные и корневые отображаются с красным крестиком

Переустановка этих сертификатов не приводит к устранению ошибки. В моем случае дело было в конфликте криптопровайдеров. Ранее на компьютере был установлен ViPNet, он и блокировал использование сертификатов КриптоПро.

Для устранения этой проблемы необходимо полностью деинсталлировать ViPNet, а затем вновь запустить установку КриптоПро с исправлением ошибок.