Опытным путем установлено, что сканер АТОЛ impulse 12 не считывает корректно  код Data Matrix в режиме эмуляции COM-порта, причем в режиме HID (клавиатура) все работает. Как пишут в сети, проблема возможно связана версией прошивки, но в нашем лучае проще было заменить сканер на другую модель и проблема была решена.